شناسایی فرآیندهای بیولوژیکی مرتبط با مقاومت به بیماری شانکر باکتریایی گوجه با استفاده از آنالیز پروفایل بیان

بیماری باکتریایی شانکر گوجه فرنگی یکی از مهمترین بیماری های باکتریایی است که هر ساله باعث ایجاد خسارات قابلتوجهی به گوجه فرنگی می شود. این بیماری از طریق زخم یا ریشه، گیاه میزبان را آلوده می کند. به منظور بهبود ژنتیکیمقاومت به این بیماری لازم است تا درک صحیحی از اساس مولکولی مکانیسم های مقاومت به بیماری شانکر گوجه فرنگیداشته باشیم. در پژوهش حاضر، به منظور شناسایی ژن های مرتبط با مقاومت به بیماری شانکر باکتریایی گوجه، تجزیه وتحلیل داده های RNA-Seq مربوط به ۹ نمونه برگ گوجه وحشی (Solanum arcanum) در ۰، ۸ و ۲۴ ساعت بعد از تلقیح با عامل بیماری شانکر باکتریایی انجام شد. نتایج حاصل منجر به شناسایی ۴۳۰۶ ژن دارای بیان افتراقی معنی دار، ۸ ساعت بعداز تلقیح شد که از این تعداد ۲۰۳۷ ژن در پاسخ به بیماری افزایش بیان و ۱۹۹۹ ژن کاهش بیان داشتند. به علاوه ۲۴ ساعتبعد از تلقیح نیز ۱۱۷۷ ژن دارای بیان افتراقی معنی دار شناسایی شدند که از این تعداد نیز ۷۹۱ ژن افزایش بیان و ۳۸۶ ژنکاهش بیان نشان دادند. نتایج هستی شناسی ژن های دارای افتراق بیان، به طور جالب توجهی وجود فرآیندهای بیولوژیکی ازجمله پاسخ به محرک (GO:۰۰۵۰۸۹۶) و پاسخ به تنش (GO:۰۰۰۶۹۵۰) را در ۸ ساعت پس از تلقیح و فرایندهای بیولوژیکیپاسخ به زخم (GO:۰۰۰۹۶۱)، تنظیم مسیر سیگنالینگ جاسمونیک اسید (GO:۲۰۰۰۰۲۲) و تنظیم پاسخ دفاعی(GO:۰۰۳۱۳۴۷) را در ۲۴ ساعت پس از تلقیح نشان داد. این فرایندهای بیولوژیکی میتوانند در ایجاد مقاومت به بیمارینقش داشته باشند.

کلیدواژه ها:

بیماری شانکر باکتریایی ، غنی سازی هستی شناسی ژن ، RNA-Seq ، Solanum Arcanum