استخراج قوانین انجمنی زمانی از گراف های زمانی برهمکنش پروتئین-پروتئین

از تحلیل داده های ریزآرایه، اطلاعات زیستی مفیدی قابل استخراج است. از آن جمله میتوان به تاثیر بیان یک ژن خاص بر روی بیان ژن های دیگر،تعیین ژن های بیان شونده در شرایط متفاوت و ایجاد گراف های زمانی برهمکنش پروتئین- پروتئین اشاره کرد. شبکه های برهمکنش پروتئین-پروتئین در دنیای واقعی پویا هستند، یعنی برهمکنش پروتئین ها ممکن است در شرایط و زمان های مختلف فعال یا غیر فعال باشند. در پایگاه داده های مختلف، این شبکه ها به صورت ایستا و یکپارچه گردآوری شده اند. به منظور تبدیل شبکه های ایستا به گرافهای زمانی از اطلاعات اضافی تر همچون آستانه گذاری پروفایل بیان ژن و بیان همزمان ژنها استفاده میشود. رفتار بیان ژنها، چینش زمانی و حضور یا عدم حضور کمپلکس های پروتئینی در شرایط مختلف و به صورت قاعده مند، میتواند اطلاعات مفیدی را در فهم کارکرد دینامیکی شبکه های برهمکنش پروتئین-پروتئین و کمپلکس های پروتئینی را فراهم کند. برای استخراج قوانین انجمنی زمانی کمپلکسها، از مجموعه گراف های زمانی استفاده شده است. برای کنترل و مهار حجم محاسبات و کم کردن تعداد اقلام داده از کمپلکسهای پروتئینی مرجع با اوزان مختلف استفاده شده است. در این حالت تعداد اقلام از تعداد پروتئین های فعال در هر نقطه به تعداد کمپلکس های پروتئینی آن تراکنش کاهش می یابد. قوانین استخراج شده برای تعیین ارتباط زمانی بین کمپلکس های مختلف میباشد. نتایج به دست آمده نشان از وجود ارتباط معنی دار بین عناصر قوانین استخراج شده را نشان میدهد.

کلیدواژه ها:

برهمکنش پروتئین- پروتئین ، گراف زمانی برهمکنش پروتئینی ، قوانین انجمنی زمانی ، داده های ریزآرایه