ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

همسانه سازی و بررسی بیوانفورماتیکی ژن CCD۱ در زعفران(Crocus sativus L.) ایران

محل انتشار: دوفصلنامه پژوهش های زعفران، دوره: 8، شماره: 1
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 308

فایل این مقاله در 18 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1203635

شناسه ملی سند علمی:

JR_JSRB-8-1_012

تاریخ نمایه سازی: 22 اردیبهشت 1400

چکیده مقاله:

ایران بزرگترین تولیدکننده زعفران جهان می­باشد بر همین اساس زعفران در کشور به عنوان یک محصول راهبردی محسوب می گردد. از آنجا که متابولیسم آپوکاروتنوئیدها عامل ارزش اقتصادی در گیاه زعفران است، لذا جداسازی و تجزیه و تحلیل شیمیایی ژن های درگیر در متابولیسم کاروتنوئیدها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. باتوجه به اهمیت ژن CsCCD۱ در بیوسنتز آپوکاروتنوئیدها، در این تحقیق به منظور شناخت بیشتر از ساختار ژنومی زعفران ایران، به بررسی ویژگی های فیزیکی و شیمیایی این ژن پرداخته شد. همچنین روابط فیلوژنتیکی آنزیم CsCCD۱ توسط سرورها و نرم افزارهای بیوانفورماتیکی با هدف مطالعه پتانسیل ساختاری آن مورد پیش بینی قرار گرفت. ویژگی های فیزیکی و شیمیایی و فیزیولوژی پروتئین CsCCD۱ توسط سرورها و ابزارهای Protparam، SOPMA، ProtScale، Pfam، ProtComp ، Signalp ، TMHMM، Targetp و Chlorop بررسی شدند. همچنین با استفاده از سرور Swiss-Model ساختار سه بعدی پروتئین CCD۱ مورد بررسی قرار گرفت و جهت اعتبار سنجی ساختاری مدل ترسیم شده سه بعدی، پلات راماچاندران ترسیم گردید. نتایج تجزیه و تحلیل درخت فیلوژنتیکی نشان داد که از لحاظ ساختار اسید آمینه ای، پروتئین CsCCD۱ بیشترین قرابت را با CaCCD داشت. نتایج تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین CsCCD۱ حاکی از فقدان وجود توالی راهنما و منطقه تراغشایی در آن بود و بطور کلی، نتایج نشان داد که پروتئین CsCCD۱، آنزیمی از خانواده کاروتنوئیداکسیژنازها و پایدار در شرایط آزمایشگاهی است. تجزیه و تحلیل های بیوانفورماتیکی انجام شده بر روی پروتئین CsCCD۱ زمینه را برای مطالعات عملکردی آینده فراهم می کند.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

محمد جواد حبیب زاده

دانشجوی دکتری رشته بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز، تبریز، ایران

سید مهدی زیارت نیا

استادیار، گروه زیست فناوری مواد غذایی، موسسه پژوهشی علوم و صنایع غذایی، مشهد، ایران.

ابراهیم دورانی علیایی

دانشیار، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز،تبریز، ایران.

مصطفی ولیزاده

استاد، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز. تبریز، ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Ahrazem, O., Rubio-Moraga, A., Argandola-Picazo, J., Castillo, R., and Gomez-Gomez, ...
  • Ahrazem, O., Trapero, A., Gomez, M.D., Rubio-Moraga, A., and Gomez-Gomez, ...
  • Ahrazem, O., Rubio-Moraga, A., Berman, J., Capell, T., Christou, P., ...
  • Artimo, P., Jonnalagedda, M., Arnold, K., Baratin, D., Csardi, G., ...
  • Auldridge, M.E., McCarty, D.R., and Klee, H.J., ۲۰۰۶. Plant carotenoid ...
  • Baba, S.A, Mohiuddin, T., Basu, S., Swarnkar, M.K., Malik, A.H., ...
  • Balderman, S., Naim, M., and Fleischmann, P., ۲۰۰۵. Enzymatic carotenoid ...
  • Beiki, A.H., Keify, F., and Mozafari, J., ۲۰۱۱. Rapid genomic ...
  • Bendtsen, J.D., Nielsen, H., Von Heijne, G., and Brunak, S., ...
  • Bertoni, M., Kiefer, F., Biasini, M., Bordoli, L., and Schwede, ...
  • Bienert, S., Waterhouse, A., de Beer, T.A.P., Tauriello, G., Studer, ...
  • Combet, C., Blanchet, C., Geourjon, C., and Deleage, G., ۲۰۰۰. ...
  • El-Gebali, S., Mistry, J., Bateman, A., Eddy, S.R., Luciani, A., ...
  • Eugester, C.H., Hurlimann, H., and Leuenberger, H.J., ۱۹۶۹. Crocetindialdehyd und Crocetinhalbaldehyd als ...
  • Fallah Ziarani, M., Tohidfar, M., and Aminfar, Z., ۲۰۱۷. Bioinformatic ...
  • Fleischmann, P., Watanabe, N., and and Winterhalter, P., ۲۰۰۳. Enzymatic ...
  • Floss, D.S., Walter, M.H., ۲۰۰۹. Role of carotenoid cleavage dioxygenase ...
  • Fraser, PD., Bramley, PM. ۲۰۰۴. The biosynthesis and nutritional uses ...
  • Gasteiger, E., Hoogland, C., Gattiker, A., Duvaud, S., Wilkins, M.R., ...
  • Giuliano, G., Al-Babili, S., and Lintig, J., ۲۰۰۳. Carotenoid oxygenases: ...
  • Guex, N., Peitsch, M.C., and Schwede, T., ۲۰۰۹. Automated comparative ...
  • Hosseinpour Azad, N., Nematzadeh, G.H., Gouliano, G., Ranjbar, G.A., Yamch, ...
  • Ibdah, M., Azulay, Y., Portnoy, V., Wasserman, B., Bar, E., ...
  • Kato, M., Matsumoto, H., Ikoma, Y., Okuda, H., and Yano, ...
  • Krogh, A., Larsson, B., von Heijne, G., and Sonnhammer, E.L., ۲۰۰۱. Predicting ...
  • Kyte, J., and Doolittle, R.F., ۱۹۸۲. A simple method for ...
  • Maniatis, T., Fritsch, E., and Sambrook, F., ۱۹۹۵. Molecular cloning. ...
  • Messing, S.A., Gabelli, S.B., Echeverria, I., Vogel, T.J., Guan, J.C., Cai ...
  • Mirhoseini, S.Z., Pezeshkian, Z., and Ghovvati, S., ۲۰۱۶. Phylogenetic and ...
  • Nassaj Hoseini, S.M., and Shamsbakhsh, M., ۲۰۱۰. Phylogenetic Analysis Methods. ...
  • Pettersen, E.F., Goddard, T.D., Huang, C.C., Couch, G.S., Greenblatt, DM., ...
  • Pfister, S., Meyer, P., Steck, A., and Pfander, H., ۱۹۹۶. ...
  • Rubio, A., Rambla, J.L., Santaella, M., Gomez, D., Orzaez, D., ...
  • Rubio, A., Rambla, J.L., Ahrazem, O., Granell, A., and Gomez-Gomez, ...
  • Rubio-Moraga, A., Rambla, J.L., Fernández-de-Carmen, A., Trapero-Mozos, A., Ahrazem, O., ...
  • Simkin, A.J., Underwood, B.A., Auldridge, M., Loucas, H.M., Shibuya, K., ...
  • Simkin, A.J., Moreau, H., Kuntz, M., Pagny, G., Lin, C., ...
  • Sui, X., Kiser, P.D., Lintig, J.V., and Palczewski, K., ۲۰۱۳. ...
  • Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., and Kumar, ...
  • Tan, B. C., Joseph, L.M., Deng, W.T., Liu, l., Li, ...
  • Vogel, J.T., Tan, B.C., McCarty, D.R., and Klee, H.J., ۲۰۰۸. ...
  • Waterhouse, A., Bertoni, M., Bienert, S., Studer, G., Tauriello, G., ...
  • Yousefi Javan, I., and Gharari, F., ۲۰۱۷. The structure of ...
    • نمایش کامل مراجع