شناسایی نواحی ویرایش RNA در بیماران مبتلا به سرطان معده با استفاده از داده های توالی یابی RNA

ویرایش RNA به مفهوم تغییر در توالی RNA پس از رونویسی می باشد، که توسط اعضای خانواده ADAR انجام می شود. این تغییر توالی در اغلب موارد به صورت تبدیل نوکلئوتید A به I از طریق دآمینه شدن آدنوزین به اینوزین بر روی RNA دو رشته ای است .(Bass, ۲۰۰۲) نقش این پدیده در ایجاد و پیشرفت سرطان در چند سال اخیر مورد توجه قرار گرفته است. ویرایش RNA از طریق چندین مکانیسم می تواند در سرطان نقش داشته باشد. این فرآیند با تغییر کد ژنتیکی می تواند در ژن های سرگوبگر تومور و یا انکوژن ها اتفاق افتاده و باعث ایجاد جهش در سطح RNA گردد. همچنین افزایش یا کاهش ویرایش RNA در میکرو RNAها و یا محل های اتصال آن ها، می تواند منجر به کاهش یا افزایش بیان انکوژن ها و ژن های سرکوبگر تومور شود .(Baysal et al., ۲۰۱۷) شناسایی جایگاه های ویرایش RNA می تواند از طریق مقایسه مستقیم توالی cDNA و DNA ژنومی مربوط به آن انجام شود. چندین مطالعه بر پایه استفاده هم زمان از داده های توالی یابی RNA و DNA جهت شناسایی جایگاه های ویرایش انجام شده است، اما این روش ها نیازمند صرف زمان و هزینه زیادی می باشد .(Hwang et al., ۲۰۱۶) روش دیگر برای شناسایی کل جایگاه های ویرایش (ادیتوم) ، استفاده از توالی یابی RNA به صورت تنها می باشد. چندین چالش در رابطه با استفاده از داده های توالی یابی RNA جهت آنالیز ادیتوم وجود دارد که شامل؛ تمایز جایگاه های ویرایش واقعی از SNPها، جهش های سوماتیکی، خطاهای سیستماتیک توالی یابی و خطاهای نقشه یابی می شوند .(Ramaswami et al., ۲۰۱۳) هدف از انجام مطالعه حاضر استفاده از داده های توالی یابی RNA جهت شناسایی نواحی ویرایش شده ژنوم در بیماران مبتلا به سرطان معده می باشد.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، دادهکاوی ، ویرایش RNA ، توالی یابی RNA ، سرطان معده