برآورد میزان هم خونی به روش شجره و نشانگر و تاثیر آن بر صحت پیش بینی ژنومی در داده شبیه سازی

در سالیان گذشته بدلیل عدم شناخت روابط خویشاوندی ژنومی بین افراد جمعیت در گله  تنها از روابط شجره­ای برای کنترل هم ­خونی استفاده می ­شد. در پژوهش کنونی میزان پیشرفت ژنتیکی ( G)، میزان هم ­خونی به روش شجره و میزان هم ­خونی به روش لوکاس IBD برای دو روش GBLUP  و TBLUP برآورد و هم چنین تاثیر آن ­ها بر صحت پیش ­بینی ژنومی به کمک داده شبیه ­سازی بررسی شد. یک جمعیت پایه متشکل از ۱۰۰۰ حیوان برای ۴۰۰۰ نسل به کمک نرم ­افزار QMsim شبیه ­سازی شد. تعداد ده کروموزوم و بر روی هر کروموزوم ۱۰۰۰ نشانگر SNP شبیه ­سازی و تعداد کل QTL ها بر روی ده کروموزوم ۱۰۰۰ عدد در نظر گرفته شد. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که  میزان پیشرفت ژنتیکی در روش ارزش اصلاحی ژنومی (GBLUP) ۱۳ درصد بیش تر نسبت به روش TBLUP برآورد شد. میزان هم ­خونی به روش شجره در روش GBLUP بسیار پایین ­تر از روش TBLUP برآورد شد هر چند که در روش هم ­خونی برآورد شده به کمک IBD این میزان تفاوت بسیار ناچیز بود. میزان تفاوت صحت پیش ­بینی ژنومی برای روشی که هم ­خونی به کم نشانگر برآورد شد نسبت به روش شجره، ۲۴ واحد بیش تر به دست آمد. به طور کلی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که برآورد میزان هم­ خونی به کم نشانگر از صحت بیش تر برخوردار بوده و تاثیر آن بر صحت پیش­ بینی ژنومی معنی ­دار بود.

کلیدواژه ها:

صحت پیش بینی ژنومی ، داده شبیه سازی ، میزان