خوشه بندی مبتنی بر آنتولوژی ژن های هدف ریزRNA های موثر بر تولید شیر

شیر گاو مایعی بسیار مغذی است و بخش مهمی از رژیم غذایی یک فرد می­ باشد و تمامی مواد مورد نیاز بدن انسان را در خود دارد. استراتژی­ هایی که از طریق آن می­ توان تولید شیر را تحت تاثیر قرار داد، شناسایی ژن­ هایی که روی تولید و ترکیب شیر اثر می­ گذارند و استراتژی دیگر شناسایی ریزRNAهایی ­که بیان ژن­ های موثر را تحت تاثیر قرار می ­دهند. در این مطالعه ابتدا داده ­های ریزRNA­های مربوط به غده پستانی گاو شیری با کد شناسایی E-GEOD-۶۱۲۲۷از پایگاه GEO پیاده­ سازی شدند. بعد از مشخص شدن میزان بیان ریزRNAها، شناسایی ژن­ های هدف ریزRNA ها به کمک پایگاه داده ­ای miRwalk انجام گردید. سپس برای فرآیند خوشه ­بندی ژن ­ها بر مبنای ساختار درختی آنتولوژی ژن که شامل سه زیر آنتولوژی فرآیند بیولوژیکی، عملکرد ملکولی و جزء سلولی است از نرم­ افزار AgriGO استفاده گردید. در مطالعه حاضر براساس خوشه  بندی مبتنی بر آنتولوژی ژن ­های هدف نتایج نشان داد که فعالیت ­های بیولوژیکی مورفوژنز بافت پستانی و تکثیر سلول­ های اپیتلیال در سطح بسیار معنی ­داری می ­باشند که این فرآیندها در تکامل و توسعه غدد پستان نقش بسیار مهمی دارند و نتایج براساس فعالیت مولکولی نشان داد که سیگنال ­دهی با استفاده از پروتئین ­های گیرنده کینازی بیش ­ترین سطح معنی­ داری به خود اختصاص داده است. هم­ چنین نتایج مربوط به بخش اجزا سلولی نشان داد بیش ­ترین شمار ژن ­های هدف در بخش داخلی غشا سلولی ارگانل و غشا پلاسمایی قرار دارند. بنابراین، ژن ­های هدفی که تنظیم کننده این فرآیندهای معنی­ دار می ­باشند پتانسیل ایفای نقش قابل توجه جهت یافتن راهکاری هدفمند در راستای بهبود صفت تولید شیر را دارند.

کلیدواژه ها:

آنتولوژی ژن ، ریزRNA ، خوشه بندی ژن ، تولید شیر