پویش ژنومی نشانه های انتخاب در اسب نژاد کرد

انتخاب جهش­های مفید در برخی جمعیت­ ها سبب به ­جا گذاشتن نشانه­ هایی در سطح ژنوم می­ شود. به ­دلیل ارتباط این مناطق با صفات مهم اقتصادی شناسایی این مناطق از ژنوم از موضوعات مهم در پژوهش ­های ژنتیک حیوانی است. این پژوهش با هدف شناسایی مناطق ژنومی حامل نشانه ­های انتخاب در اسب نژاد کرد با استفاده از ریزآرایه نانویی اسب ۷۰K انجام شد. تعداد ۲۸ راس اسب نژاد کرد از مناطق مختلف کردستان و کرمانشاه انتخاب، بعد از خونگیری و استخراج DNA، تعیین ژنوتیپ شدند. جهت جستجوی نشانه های انتخاب از دو آزمونEHH  و iHS در محیط R و با استفاده از بسته نرم ­افزاری rehh استفاده شد. به­ منظور بررسی ژن­ ها و QTLهای احتمالی در مناطق کاندیدای انتخاب، از پایگاه داده­ های نشانگر تک نکلئوتیدی اسب و پایگاه QTL حیوانات استفاده شد. با استفاده از آماره iHS، ۹ منطقه ژنومی روی کروموزوم های ۱۱، ۷، ۵ و ۱۵  به­ عنوان مناطق کاندیدای نشانه انتخاب، شناسایی شد. جهت ارزیابی اثر انتخاب در این مناطق از آماره EHH به ­همراه بررسی دیاگرام های شاخه بندی هاپلوتیپی و بررسی طول LD استفاده شد. روی کروموزوم­ های ۷ و ۱۱ مناطقی به ­عنوان مناطق حامل نشانه ­های انتخاب مثبت شناسایی شده و مناطق ژنومی روی کروموزوم ­های ۵ و۱۵ علی ­رغم فراوانی بالای آللی اثری از انتخاب مثبت اخیر در این نواحی ژنومی مشاهده نشد و آلل­ ها به ­عنوان آلل­ های رایج و قدیمی مشاهده شد. در این مناطق تعدادی ژن و QTL شناسایی شد که در زمینه فعالیت عضلانی، سیستم ایمنی و فعالیت­ های درون سلولی فعالیت دارند. بنابراین، این مناطق از ژنوم اسب کرد احتمالا هدف انتخاب مثبت بوده است.

کلیدواژه ها:

پویش ژنومی ، نشانه های انتخاب ، اسب کرد