بررسی مسیرهای متابولیکی مرتبط با جایگاه صفات کمی مربوط به صفت مقاومت به انگل در ژنوم گوسفند با استفاده از رسم شبکه ژنی و هستی شناسی ژن

طی دهه های اخیر، پیشرفت در فن آوری نشانگرهای مبتنی بر DNA و در دسترس بودن داده های ژنومی مانند جایگاه صفات کمی و بررسی کاربرد ژن ها از طریق روش های بیوانفورماتیک نقش مهمی در درک پتانسیل ژنتیکی صفات مختلف داشته است. در این مطالعه QTL های مربوط به صفت مقاومت به انگل در گوسفند از طریق پایگاه داده AnimalQTL تهیه شد. سپس ژن های مربوط به هر QTL نیز از ژنوم مرجع گوسفند در پایگاه داده NCBI به دست آمد. در ادامه، به منظور درک ارتباط بین ژن های به دست آمده، شبکه های ژنی برای هر صفت با استفاده از نرم افزار Cytoscape_v۳.۸.۰ ترسیم شد و نهایتا به منظور تفسیر شبکه های ژنی و بررسی هستی شناسی ژن ها از نرم افزار Cytoscape استفاده شد. نتایج این مطالعه نشان داد درمجموع ۷۱ QTL برای صفت مقاومت به انگل وجود دارد که تحت کنترل ۱۹۸ ژن می باشند. اکثرا این نشانگرها با استفاده از روش هایی چون مطالعه هم خوانی سراسر ژنوم (GWAS)، نقشه برداری وراثت پذیری منطقه ای (RHM) و یا با استفاده از چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP) نقشه یابی شده بودند. آنالیز هستی شناسی در این تحقیق ۲۰ مسیر بیولوژیکی را نشان داد که چهار مسیر عمده سهم بیشتری داشتند و شامل: فرآیند متابولیک پیرووات، فرآوری آنتی ژن و عرضه آنتی ژن پپتید از طریق مولکول های اصلی سازگار بافتی کلاس I، مهاجرت سلول های عصبی و اتصال مولکول چسبندگی سلولی بودند. در این تحقیق برای اولین بار ژن های درگیر، هستی شناسی ژن ها، بررسی و یافتن مسیرهای متابولیکی مرتبط باصفت مقاومت به انگل در گونه گوسفند از طریق داده های QTL توصیف شد. با استفاده از روش و نتایج این تحقیق می توان ژن ها و نیز هستی شناسی را برای صفات مهم و اقتصادی در گوسفند و حتی سایر حیوانات اهلی مشخص و ارزیابی کرد.

کلیدواژه ها:

هستی شناسی ، QTL ، نشانگر ، انگل