تحلیل مقایسه ای ژنوم کروناویروس های بیماریزای انسان و دام
محل انتشار: فصلنامه تحقیقات دامپزشکی، دوره: 78، شماره: 1
سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 124
فایل این مقاله در 15 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JVR-78-1_006
تاریخ نمایه سازی: 27 خرداد 1402
چکیده مقاله:
زمینه مطالعه: کروناویروسهایی که عمدتا عامل عفونت های گوارشی و تنفسی هستند، در طیف وسیعی از میزبانان شناسایی شده اند. در بین انبوه داده های ژنومی به دست آمده از این خانواده تفاوت ها و تشابهاتی دیده می شود که قابل تحلیل با روش های مجازی میباشد.هدف: در مطالعه حاضر مقایسه ژنومی کروناویروس های مهم در حوزه پزشکی و دامپزشکی با هدف دست یابی به اطلاعات بیشتر و دقیق تر از تشابهات و تفاوت های ژنتیکی اعضای مختلف این خانواده صورت گرفته است.روشکار: توالی های ژنومی گونه های مهم بیماریزای کرونا ویروس از پایگاه های داده NCBI وVPR استخراج شد. در ادامه، با استفاده از الگوریتم بلاست توالی های سایر گونه ها با توالی ژنوم ویروس SARS-CoV-۲ هم ردیف و درصد تشابهات محاسبه شد. توالی های اسیدآمینه پروتئین های ساختاری و غیرساختاری مرتبط با نواحی کدشونده (CDS) به صورت جداگانه هم ردیف شدند و میزان شباهت آن ها محاسبه شد. ساختارهای فضایی هر پروتئین با پروتئین متناظر در ویروس SARS-CoV-۲ مقایسه شدند و میزان تشابهات به صورت مدل امتیاز دهی قالبی (TM-Score) به دست آمد. در پایان، درخت سلسله تبار گونه های کروناویریده بر مبنای داده های توالی نوکلئوتیدی و اسیدآمینه رسم شد.نتایج: بیشترین تشابهات بین گونه ای، از لحاظ توالی نوکلئوتیدی، آمینواسیدی و اشکال فضایی، در پروتئین های غیرساختاری nsp۱۲، nsp۱۳، nsp۱۴ و nsp۱۶ مشاهده شد. ژن های کد کننده این پروتئین ها در ناحیه ژنی ORF۱ab قرار دارند که در رونوشت برداری ویروس نقشی حیاتی دارد.نتیجهگیری نهایی: بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعه حاضر مجتمع رونوشت برداری شباهت های زیادی در بین کروناویروس های انسانی و دامی دارد. داده های تطبیقی و تحلیلی مجتمع رونوشت برداری ویروس های خانواده کروناویروس را می توان به عنوان یک هدف مهم جهت توسعه روش های تشخیص، انواع درمان های ضد ویروسی و طراحی واکسن مورد استفاده قرار داد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
ترانه رجائی
دانش آموخته دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران، تهران، ایران
غلامرضا نیکبخت بروجنی
گروه میکروبیولوژی و ایمونولوژی، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران، تهران، ایران
فاطمه فروتن
پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران
جلیل مهرزاد
گروه میکروبیولوژی و ایمونولوژی، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران، تهران، ایران
پویا هوشمند
دانش آموخته دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران، تهران، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :