بررسی بیوانفورماتیکی ساختار و بیان ژن ARF16 در گیاه آرابیدوپسین تالیانا

هورمون گیاهی اکسین یک کسری از فرآیندهای فیزیولوژیکی، شامل غالبیت راسی، پاسخ های بین ناحیه ای، تشکیل ریشه جانبی، تمایز آوندی، الگودهی جنین و کشیدگی ساقه را تنظیم می کند. در سطح ملکولی، اکسین به سرعت ژن های متعددی را القا می کند که یکی از این ژن هاARF16 می باشد. از جمله عملکردهای شناخته شده این ژن کنترل تشکیل سلولهای کلاهک ریشه و نیز کنترل خواب بذر می باشد. در این تحقیق ژن ARF16 با استفاده از ابزارها و منابع بیوانفورماتیک مورد مطالعه قرار گرفته است و ساختار مولکولی و نیز بیان این ژن در گیاه آرابیدوپسیس مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. ژن ARF16 با جایگاه ژنی AT4G30080 بر روی کروموزوم 4 واقع شده دارای 2360 جفت باز و کدکننده پروتئینی با طول 335 اسیدآمینه می باشد. این ژن حاوی 2 دامنه مهم B3 و Aux/IAA-ARF می باشد. مشخص شد که ژن های AT2G28350، AT3G27580،AT3GO5510 و ATIG15170 دارای ارتباط مستقیم با ژن مورد نظر ما می باشند. همچنین نشان داده شد که بیشترین بیان این ژن در طول دوره رشد مربوط به مرحله دانه دهی است و پس از آن مرحله جوانه زنی بیشترین بیان را دارا می باشد.

کلیدواژه ها:

آرابیدوپسین ، اکسین ، پایگاه داده NCBI ، ژن ARF16