بررسی بیوانفورماتیکی امکان حضورmiRNA های جدید در ناحیه افزایش یافته3q26.33 در سرطان ریه

سرطان ریه بیشترین میزان مرگ و میر ناشی از سرطان در جهان را به خود اختصاص داده است. دو فرم اصلی سرطان ریهNon-smallSmall-cell lung cancer و cell lung cancerتغییرات کروموزومی متعددی را نشان می دهند، که مهمترین آنها تکثیر در منطقهی3q26.3می باشد. از سوی دیگر نشان داده شده که(miRNA) microRNAها به عنوان تنظیم کننده های جدید دارای نقش های انکوژنی و تومورساپرسوری در فرآیند تومورزایی هستند. امروزه آنالیزهای بیوانفورماتیکی از مهمترین روش های کشفmiRNAهای جدید در نواحی افزایش و حذف کروموزومی محسوب میگردد. در این مطالعه نواحی اینترونی حفاظت شده ژنSox2-otواقع در ناحیه 3q26.3به منظور شناساییmiRNAهای جدید مورد بررسی های بیوانفورماتیکی قرار گرفت. در این راستا ابتدا به بررسی ساختارهای ساقه -حلقه موجود در ناحیه ی افزایش یافته 3q26.33 به کمک نرم افزارSSCprofilerپرداخته، سپس تواالی های شناسایی شده را بابرنامه هایMicroprocessor SVM و CID-miRNA ،MiPredمورد آنالیز قرار دادیم. نتایج بدست آمده حاکی از وجود 30 توالی بالقوه برای miRNAهای جدید بود که در نهایت 3 مورد از ساختارهای ساقه -حلقه ای که در مجموع بهترین ویژگی های مورد انتظاربرای یکmiRNAرا داشتند انتخاب و کلون نمودیم تا به بررسی نقش آنها در سرطان زایی ریه بپردازیم

کلیدواژه ها:

سرطان ریه ، Sox2ot ، بیوانفورماتیک ، microRNA